До того как начать заниматься футболом в родном Владивостоке, увлекался карате. В 12-летнем возрасте попал в школу ЦСКА. В 16 лет впервые начал привлекаться к тренировкам с основной командой, в начале 2008 года попал в заявку на чемпионат России. В этом же году мог оказаться в португальском клубе «Порту», в котором находился на просмотре. Также к Нигматуллину проявляли интерес английский «Ливерпуль» и испанская «Валенсия», но сам игрок не захотел покидать Россию. В начале 2011 года вместе с ещё одним игроком ЦСКА Дмитрием Рыжовым на правах сезонной аренды перешёл в саранскую «Мордовию», но в июле контракт с ним был расторгнут. В августе был отдан в аренду екатеринбургскому «Уралу», но из-за сорванного зимой 2012 года перехода в ЦСКА полузащитника Олега Шатова, перешедшего в итоге в «Анжи», московский клуб разорвал с «Уралом» партнёрские отношения и отозвал из Екатеринбурга всех своих игроков, в числе которых был и Нигматуллин. В феврале пополнил состав подмосковных «Химок», вновь на правах аренды. Перед началом сезона 2012/13 был арендован нижегородской «Волгой». 21 июня 2013 года между игроком и клубом был заключён полноценный контракт. 3 августа в матче с «Зенитом» (1:3), дебютировал в составе «Волги» в премьер-лиге. В конце января 2016 года перешёл в клуб ФНЛ «Тосно». Летом 2017 года подписал контракт с пермским «Амкаром». Дебютировал за клуб 16 июля в матче с «Ахматом» (0:1).