Начал карьеру в клубе «Эмелек» из родного Гуаякиля. В сферу интересов российских агентов, работающих для казанского клуба, попал случайно, Курбану Бердыеву предложили другого игрока, но на просмотре он отметил именно Нобоа. В 2007 году подписал контракт с «Рубином» на пять лет. Сразу после приезда в Россию, Кристиан поел снега, который увидел впервые в жизни, и заболел пневмонией. В дебютном матче против «Ростова» забил гол в свои ворота. Стал первым эквадорцем в российском футболе. Первый мяч в Премьер-лиге забил в ворота московского «Спартака» 25 августа 2007 года в Казани, это был единственный гол Нобоа в сезоне 2007 года, в котором он сыграл 14 матчей в чемпионате России. В зимнее межсезонье 2011/12 Нобоа перешёл в состав московского «Динамо» за € 8 млн. В своём четвёртом матче за новую команду забил победный мяч для московского «Спартака», поразив собственные ворота. 25 августа 2012 года в матче против «Локомотива» Кристиан забил свой дебютный гол за «Динамо», который оказался победным — 2:3. В октябре «Рубин» готов был выкупить у «Динамо» Нобоа за € 4 млн после того, как фанаты «Динамо» требовали избавиться как от Нобоа, так и от других футболистов. 4 июня 2017 года перешёл в «Зенит» на правах свободного агента. Соглашение рассчитано на 3 года. Дебютировал в ответном матче третьего квалификационного раунда Лиги Европы. 18 февраля 2018 года перешёл на правах аренды в казанский «Рубин», где провел весеннюю часть сезона, вернувшись летом в «Зенит». 5 августа 2019 года перешёл в «Сочи» на правах свободного агента. Соглашение рассчитано на 2 года. Дебютировал 11 августа 2019 года в гостевом матче против ЦСКА, отыграл полный матч. В сезоне 2019/20 провёл 19 игр и забил 4 мяча в домашних матчах в ворота «Ахмата» (30 сентября 2019), «Тамбова» (2 ноября 2019), «Оренбурга» (11 марта 2020) и «Краснодара» (15 марта 2020). 9 августа 2020 года в Москве в первом туре сезона 2020/21 забил мяч с пенальти в ворота «Спартака» на последней минуте матча (2:2). Для Нобоа это был первый с мая 2011 года реализованный пенальти в чемпионатах России. 14 августа забил мяч в Сочи в ворота «Химок» (1:1). 18 августа сравнял счёт на 86-й минуте матча против «Рубина» в Сочи, затем хозяева забили победный мяч (3:2). 25 августа 2020 года Нобоа забил в ворота «Тамбова» в компенсированное время, принеся «Сочи» победу с минимальным счётом (1:0). Этот гол стал 50-м для Нобоа в чемпионатах России, он стал 50-м футболистом в истории, достигшим этой отметки, и пятым южноамериканцем (ранее 50 мячей в чемпионатах России забивали только бразильцы — Вагнер Лав, Веллитон, Халк и Ари). Этот мяч Нобоа забил спустя ровно 13 лет после своего первого гола в чемпионатах России. 12 сентября забил единственный мяч в матче между «Сочи» и «Ахматом». 20 и 26 сентября забил по мячу с пенальти в матчах против «Арсенала» и «Краснодара». Таким образом, в первых 9 матчах чемпионата России Нобоа отличился 7 раз, впервые с 2010 года забив более 6 мячей в чемпионате России.