Мачадо начал профессиональную карьеру в клубе «Атлетико Насьональ». В 2013 году он был включён в заявку основной команды. 27 октября в матче против «Бояка Чико» Дейвер дебютировал в Кубке Мустанга. Несмотря на малое количество проведённых матчей Мачадо стал чемпионом и обладателем Кубка Колумбии в составе «Атлетико Насьональ». В 2014 году для получения игровой практики он на правах аренды присоединился к «Альянса Петролера». 27 февраля в поединке против «Атлетико Хуниор» Дейвер дебютировал за новый клуб. После окончания аренды Мачадо был продан в «Мильонариос». 26 марта 2015 года в матче против «Депортиво Пасто» он дебютировал за новую команду. 1 февраля 2016 года в поединке против «Патриотас» Мачадо забил свой первый гол за «Мильонариос». Летом 2017 года Дейвер перешёл в бельгийский «Гент». 6 августа в матче против «Антверпена» он дебютировал в Жюпиле лиге.