Начинал играть в футбол в швейцарских клубах «Бильтен» (1992—1998) и «Нидерурнен» (1998—1999). С 1999 года играл за «Грассхоппер», в юношеской и второй командах. Дебютировал в основной команде в сезоне 2004/05, сыграл 13 матчей. Летом 2005 года перешёл в «Тун» и помог этой команде пробиться в групповой турнир Лиги чемпионов. С 2006 года по 2010 год выступал за московский «Локомотив». В августе 2007 года был отдан в аренду в клуб «Грассхоппер» и выступал за этот клуб 2 года, проведя 57 матчей и даже забив 1 гол. 4 декабря 2009 года прошла информация, что главный тренер лондонского «Тоттенхэма» Гарри Реднапп намерен взять Якуповича в аренду. 5 февраля 2010 года расторг контракт с «Локомотивом» и получил статус свободного агента. Летом 2010 года заключил трёхлетний контракт с греческим клубом «Олимпиакос» (Волос). 30 сентября 2011 года Якупович присоединился к Арису с тремя другими бывшими товарищами по команде, Ноэ Акоста, Хавьером Уммидсом и Халифой Санкаре. Дебютировал 5 ноября 2011 года против «Олимпиакоса» (Пирей), который закончился 2:3. С 20 марта 2012 года являлся игроком «Халл Сити». 24 июня 2016 подписал новый контракт на 2 года. 19 июля 2017 года «Лестер» объявил о переходе Якуповича, контракт подписан на три года, трансфер обошёлся в € 2,3 млн.