Воспитанник «Эстудиантеса». Дебютировал в Примере 14 сентября 2008 года в игре Апертуры против «Велес Сарсфилда» (1:0). В конце года Фернандес стал частью команды, дошедшей до финала Южноамериканского кубка. В турнире он дважды выходил на замену. В январе 2009 года в составе молодёжной сборной Аргентины (до 20 лет) принял участие в чемпионате Южной Америки. 2 мая 2009 года впервые забил гол за свой клуб — Фернандес отличился в ворота «Лануса» в рамках Клаусуры чемпионата Аргентины. Чуть позже Фернандес со своим клубом завоевал Кубок Либертадорес. В ходе турнира Федерико дважды выходил на замену в четвертьфинальных матчах против «Дефенсор Спортинга».