9 июля 2013 года «Лацио» все же добился своего, подписав с игроком контракт на 5 лет. Сумма трансфера составила 7,8 миллионов евро. Кроме того, «Лацио» выплатит «Сантосу» 25 % от следующего трансфера футболиста. На старте сезона 2013/14 хавбек не пробивался в старт «Лацио», дебютировав лишь в октябрьском матче Лиги Европы против «Трабзонспора» (3:3). Через неделю Фелипе сыграл первый матч чемпионата Италии против «Фиорентины», выйдя на поле в стартовом составе. Первый гол за «Лацио» забил 28 ноября 2013 года в матче против «Легии». Во втором круге чемпионата игрок появлялся чаще на замену и голами больше не отмечался. Совсем по-другому сложился для него сезон 2014/15. Закрепившись на правом фланге атаки, Андерсон помог «Лацио» разгромить в дебютном матче сезона «Бассано» (7:0). В течение трех стартовых месяцев хавбек демонстрировал приличную игру, однако никак не мог забить. Наконец, в декабре Фелипе открыл счет своим голам в Серии A, поразив ворота «Пармы» (2:1). В этом месяце Андерсон забил ещё четырежды, а также отметился тремя голевыми передачами и был признан лучшим игроком «Лацио» в декабре.