Фернандиньо — выпускник юношеской академии «Паранаэнсе», в 2002 году стал лучшим молодым футболистом штата Парана. В следующем сезоне пробился в первую команду, а также помог сборной Бразилии выиграть чемпионат мира среди юношей (до 20 лет). В 2004 году Фернандиньо забил девять голов и в составе «Паранаэнсе» стал серебряным призёром национального первенства. В 2005 году футболист помог клубу дойти до финала Кубка Либертадорес, после чего за 7,8 миллионов евро был продан в «Шахтёр», с которым подписал контракт на пять лет. В «Шахтёре» дебютировал 30 июля 2005 года в матче с «Кривбассом» (1:0). Сыграл большую роль в победе горняков в национальном первенстве сезона 2005/06. Кроме того, Фернандиньо поразил ворота «Легии» в ответном матче третьего отборочного раунда Лиги чемпионов.