До 13 лет выступал в клубе своего родного города «Портимоненсе», затем сменил команду на лиссабонский «Спортинг». В возрасте 17 лет он вызывался в основную команду главным тренером Жозе Песейру для участия в предсезонных играх и показывал в них неплохую игру. Однако после начала сезона он вновь вернулся в молодёжную команду под руководством Паулу Бенту и помог ей выиграть чемпионский титул вместе с такими футболистами как Мигел Велозу и Нани. В начале 2005 года он дебютировал за основную команду в матче Кубка Португалии. Он быстро вписался в игру, был очень подвижен на поле, раздавал хорошие передачи и не боялся брать на себя инициативу. В следующем сезоне Моутинью прочно закрепился в основном составе и стал единственным полузащитником Чемпионата Португалии, отыгравшим все матчи турнира без замен. Его хорошая игра помогла клубу занять второе место. В сезоне 2006/07 после ухода из клуба Рикарду Са Пинту, Жоау был выбран вице-капитаном на тот момент ему было всего лишь 19 лет. В следующем сезоне Моутинью стал капитаном после ухода из клуба Куштодиу и Рикарду Перейры. В связи с появлением в команде Леандро Романьоли Жоау перешёл на правый фланг и продолжил поражать зрителей своей игрой. В сезоне 2008/09 после сорвавшегося трансфера в «Эвертон» Моутинью вновь был основным игроком клуба, проведя почти 50 матчей. «Спортинг» стал вторым. Кроме того, Жоау забил единственный в противостоянии с «Баварией» в 1/8 финала Лиги чемпионов, проигранном с общим счетом 1-12.