Начал играть в футбол в 1998 году в футбольном клубе «Рот» в муниципалитете Санкт-Леон-Рот и оставался там до начала сезона 2003/04, после чего отправился в футбольную академию «Хоффенхайма». В апреле 2011 года дебютировал за резервный состав клуба, а в конце сезона принял участие в пяти матчах основы и забил два мяча. Перед началом сезона 2011/12 подписал контракт с «Боруссией», рассчитанный до 30 июня 2015 года. Первый год выступал за вторую команду. 6 августа дебютировал в матче против «Кайзерслаутерна» и сразу же забил свой первый мяч, а 10 сентября оформил «дубль» в ворота «Шальке 04». 16 декабря 2012 года в матче против своего родного клуба «Хоффенхайма» он дебютировал за дортмундцев в Бундеслиге, в конце матча сменив на поле Марио Гётце. В своем первом сезоне он провел три матча и стал финалистом Лиги чемпионов, выиграл серебряные медали Бундеслиги и стал обладателем Суперкубка Германии. 18 августа 2013 года в поединке против брауншвейгского «Айнтрахта» Хофманн забил свой первый гол за «Боруссию». Летом 2014 года для получения игровой практики Йонас на правах аренды перешёл в «Майнц 05». 13 сентября в матче против «Герты» он дебютировал за новый клуб. 24 сентября в поединке против франкрусткого «Айнтрахта» Хофманн забил свой первый гол за «Майнц». После окончания аренды Йонас вернулся в Дортмунд. 30 июля в матче квалификации Лиги Европы против австрийского «Вольфсберга» Хофманн забил гол. В начале 2016 года Хофманн в поисках игровой практики перешёл в «Боруссию» из Мёнхенгладбаха, подписав контракт до 2020 года. 23 января в матче против своего бывшего клуба дортмундской «Боруссии» он дебютировал за новую команду, заменив во втором тайме Махмуда Дауда. 25 августа в матче против «Байер 04» Йонас забил свой первый гол за «Боруссию». В апреле 2019 года Хофманн продлил контракт с «Боруссией» до 2023 года.