Дэвид — воспитанник футбольного центра «Оттава Интернэшнлс». В начале 2018 года Джонатан подписал контракт с бельгийским «Гентом» и начал выступать за молодёжную команду. 4 августа в матче против «Зюлте-Варегем» он дебютировал в Жюпилер-лиге, заменив во втором тайме Романа Яремчука. В этом же поединке Дэвид забил свой первый гол за «Гент». После того, как он в пяти первых играх забил 5 голов, контракт с ним был продлён до 2022 года. В 2020 году вместе с Дьёмерси Мбокани он стал лучшим бомбардиром чемпионата, забив 18 голов.

Летом 2020 года Давид перешёл во французский «Лилль», подписав контракт на 5 лет. Сумма трансфера составила 30 млн. евро.