Джонатан — воспитанник юношеской академии «Челси». В сезоне 2017/18 в составе команды «Челси» до 18 лет выиграл пять юношеских трофеев, включая Молодёжный кубок Англии. Однако по окончании сезона отказался подписывать новый контракт с «Челси» и перешёл во французский «Монако», техническим директором которого является Майкл Эменало, ранее работавший на той же должности в лондонском клубе. В основном составе «Монако» дебютировал 19 декабря 2018 года в матче Кубка французской лиги против «Лорьяна». 9 августа 2019 года дебютировал во французской Лиге 1, выйдя в стартовом составе матча первого тура Лиги 1 2019/20 против клуба «Олимпик Лион». 30 августа 2019 года перешёл в бельгийский клуб «Серкль Брюгге» на правах аренды до окончания сезона 2019/20. 31 января 2022 года перешёл в «Ноттингем Форест», подписав контракт до 2025 года.