Эванс начал карьеру в североирландском клубе «Гринайленд». Там же выступали его брат Корри и Крейг Каткарт до своего перехода в «Юнайтед». Скауты «Манчестер Юнайтед» заметили талантливого защитника и предложили ему переход в Академию «Юнайтед». Джонни хорошо зарекомендовал себя в академии, сыграв летом 2006 года в нескольких матчах зарубежного тура команды за резервистов, а также в товарищеских матчах против «Селтика» и «Престон Норт Энд». Первую половину сезона 2006/07 Эванс вместе с молодыми одноклубниками Дэнни Симпсоном и Фрейзером Кэмпбеллом провёл в аренде в бельгийском «Антверпене».