Токо-Экамби — воспитанник клуба «Париж» из своего родного города. 26 апреля 2011 года в матче против «Бове» он дебютировал за основной состав. 21 октября в поединке против «Ньора» Карл забил свой первый гол за «Париж». Летом 2014 года Токо-Экамби перешёл в «Сошо». 2 августа в матче против «Орлеана» он дебютировал в Лиге 2. Через неделю в поединке против «Аяччо» Карл забил свой первый гол за «Сошо». В своём дебютном сезоне он забил 14 мячей и стал лучшим бомбардиром команды, это достижение покорилось ему и спустя год. Летом 2016 года Токо-Экамби перешёл в «Анже». 13 августа в матче против «Монпелье» он дебютировал в Лиге 1. 10 сентября в поединке против «Дижона» Карл забил свой первый гол за «Анже». 7 июня 2018 года Токо-Экамби стал футболистом испанского «Вильярреала». 18 августа в матче против «Реал Сосьедад» он дебютировал в Ла Лиге. 26 сентября в поединке против «Атлетик Бильбао» Карл забил свой первый гол за «Вильярреал». 4 октября 2018 года в матче Лиги Европы против московского «Спартака» он отметился забитым мячом. 5 декабря 2018 года забил четыре гола в матче Кубка Испании против «Альмерии». В начале 2020 года Токо-Экамби был арендован «Лионом». 26 января в матче против «Тулузы» он дебютировал за новый клуб. В этом же поединке Карл забил свой первый гол за «Лион». По окончании аренды клуб выкупил его трансфер, и заключил контракт на 5 лет.