Выступал за молодёжные команды «Пеликан» из города Лович и МСП (Шамотулы). В сентябре 2007 года перешёл в варшавскую «Легию». В основной команде дебютировал 15 ноября 2007 года в матче Кубка Польши против «Дискоболии» (0:0), Рыбус вышел на 46 минуте вместо Марцина Смолиньского. После этого матча Мацей был переведён в основной состав главным тренером Яном Урбаном. В Экстраклассе дебютировал 24 октября 2007 года в выездном матче против бытомской «Полонии» (1:2), Мацей вышел на 86 минуте вместо Марцина Смолиньского. Первый гол за «Легию» забил 8 декабря 2007 года в матче против «Гурника» (Забже) (2:0), в этом матче Мацей забил гол на 87 минуте в ворота Бориса Пешковича. 27 апреля 2008 года в домашнем матче против извечного соперника «Легии» краковской «Вислы» (2:1), забил 2 гола на 29 и 47 минуте в ворота Мариуша Павелека. В сезоне 2007/08 «Легия» заняла 2 место в чемпионате Польши уступив «Висле» из Кракова. Рыбус в сезоне провёл 10 матчей и забил 4 гола. В Кубке Польши «Легия» дошла до финала где выиграла у краковской «Вислы» по пенальти (3:4) — основное время (0:0), Рыбус начал матч в основе но на 80 минуте был заменён на Камиля Майковского. В Кубке Экстраклассы «Легия» дошла до финала где проиграла с разгромным счётом «Дискоболии» (4:1). 17 июля 2008 года дебютировал в еврокубках в матче квалификации Кубка УЕФА против белорусского «Гомеля» (0:0). «Гомель» «Легия» успешно прошла, но в следующем раунде клуб уступил российской «Москве». 20 июля 2008 года сыграл в победном матче за Суперкубок против краковской «Вислы» (1:2), Рыбус вышел на 79 минуте вместо Якуба Вавжиняка. В сезоне 2008/09 «Легия» снова заняла 2 место в чемпионате уступив краковской «Висле». Рыбус в чемпионате провёл 27 матчей и забил 3 гола. В Кубке «Легия» дошла до полуфинала где проиграла хожувскому «Руху». В феврале 2012 года подписал контракт с клубом «Терек», рассчитанный на 3,5 года. 3 марта 2012 года Рыбус дебютировал за новый клуб в матче против «Томи». Свой первый гол за «Терек» польский полузащитник забил уже в следующем туре 10 марта в поединке против «Краснодара». В начале сентября 2012 году на тренировке Мацей получил серьезную травму, которая оставила его вне игры на 2 месяца. В мае 2013 года появилась информация об интересе к Рыбусу со стороны «Спартака», «Динамо», «Зенита», «Рубина» и киевского «Динамо». Летом 2016 года Рыбус перешёл в «Лион». Дебютировал в клубе 19 августа в матче против «Кана», где вышел на поле в стартовом составе и отыграл полный матч. В 6-м туре чемпионата Франции сезона 2016/17 в домашнем матче против «Монпелье» отдал результативную передачу, которая стала первым результативным действием Рыбуса за французский клуб. Летом 2017 года Рыбус перешёл в московский «Локомотив». Дебютировал в клубе 30 июля 2017 года в матче против «Анжи», где вышел на замену в перерыве матча. 15 марта 2018 года в ответном матче 1/8 финала Лиги Европы против «Атлетико» он забил свой первый гол за клуб. Всего в сезоне 2017/18 отыграл в 20 матчах, став в составе команды чемпионом страны. На следующий год в составе команды выиграл Кубок России.