18 июля 2012 года Верратти официально стал игроком «Пари Сен-Жермен». Контракт подписан сроком на 5 лет. Сумма трансфера составила 12 миллионов евро. По контракту игрок получал 850 тысяч евро за сезон. 11 августа 2012 года Марко дебютировал в Лиге 1 в матче против «Лорьяна» на «Парк де Пренс». 18 сентября дебютировал в Лиге чемпионов в матче против киевского «Динамо». В декабре 2012 года вошёл в пятерку лучших новичков Лиги чемпионов 2012/13 по версии УЕФА. Услугами футболиста заинтересовались итальянские клубы серии А, в которой игрок мечтает сыграть, но в итоге игрок переподписал контракт с парижанами с увеличением зарплаты в 3-4 раза. Второй сезон в составе ПСЖ стал ещё более успешным: клуб выиграл и чемпионат, и Кубок лиги. Верратти был признан лучшим молодым футболистом лиги и включен в состав символической сборной. В феврале 2019 года игрок продлил контракт до 2024 года.