Уроженец Манчестера, Маркус Рашфорд с 5-летнего возраста играл за местную команду «Флетчер Мосс Рейнджерс», за которую ранее выступали такие игроки как Уэс Браун, Дэнни Уэлбек, Равел Моррисон, Зеки Фрайерс, Джесси Лингард, Тайлер Блэкетт и Кэмерон Бортуик-Джексон. Рашфордом интересовались академии «Эвертона», «Ливерпуля», «Манчестер Сити» и «Манчестер Юнайтед». Основная борьба за него развернулась между двумя манчестерскими клубами. Рашфорд тренировался как на базе «Юнайтед», так и на базе «Сити». Но в итоге в 2005 году 7-летний Маркус сделал выбор в пользу академии «Манчестер Юнайтед». Этому выбору способствовало то, что главным тренером Академии «Юнайтед» в то время был Рене Мёленстен, который акцентировал развитие молодых футболистов на индивидуальных действиях и работе с мячом, а не просто игре в пас (так называемый «метод Курвера»), что импонировало Рашфорду. Кроме того, Маркус с ранних лет болел именно за «красную» команду Манчестера. В 2014 году Рашфорд был включён в состав юношеской команды «Манчестер Юнайтед» для участия в Молочном кубке, по итогам розыгрыша которого «красные дьяволы» завоевали трофей. Рашфорд сыграл в трёх матчах и забил четыре гола, но не принял участия в финальном матче. В то же время «Манчестер Сити» предпринял ещё одну попытку привлечь Маркуса в свою академию, но Рашфорд решил остаться в «Юнайтед».