Дуганджич — воспитанник клуба «Осиек». 29 июля 2012 года в матче против «Загреба» он дебютировал во чемпионате Хорватии. 8 декабря 2013 года в поединке против загребского «Динамо» Марко забил свой первый гол за «Осиек». В начале 2015 года Дуганджич перешёл в итальянскую «Тернану». 28 февраля в матче против «Авеллино» он дебютировал в итальянской Серии B. 7 ноября в поединке против «Пескары» Марко забил свой первый гол за «Тернану». В 2013 году Дуганджич в составе юношеской сборной Хорватии принял участие в юношеского чемпионата Европы в Эстонии. На турнире он сыграл в матчах против команд Сербии, Франции и Англии.