Сиприано — воспитанник клубов «Деспортиво Бразил» и «Сан-Паулу». 17 января 2018 года в матче Лиги Паулиста против «Сан-Бенту» он дебютировал за основной состав последнего. Летом 2018 года Маркиньос перешёл в донецкий «Шахтер», подписав контракт на 5 лет. Сумма трансфера составила 1 млн евро. 29 июля в матче против столичного «Арсенала» он дебютировал в украинской Премьер-лиге.