Батшуайи начал карьеру в футбольной школе местного клуба «Брюссель». В 2006 году его пригласили в академию «Андерлехта», но вскоре отчислили за нарушение распорядка и постоянные конфликты. Миши вернулся в «Брюссель». В 2008 году он перебрался в академию льежского «Стандарда». 20 февраля 2011 года в матче против «Гента» Батшуайи дебютировал в Жюпиле лиге. 14 января 2012 года в поединке против «Беерсхота» Миши забил свой первый гол за «Стандард». Зимой 2013 года Батшуайи стал лучшим бомбардиром первой половины чемпионата. 27 июня 2014 года было объявлено, что Батшуайи подписал контракт с клубом «Олимпик Марсель» сроком на 5 лет. Сумма трансфера составила 6 миллионов евро. 9 августа в матче против «Бастии» Миши дебютировал в Лиге 1, заменив во втором тайме Димитри Пайет. 23 ноября в поединке против «Бордо» Батшуайи забил свой первый гол за «Олимпик». 3 июля 2016 года Миши перешёл в английский «Челси» за 39 миллионов евро. Контракт подписан сроком на 5 лет. В клубе будет выступать под номером «23». 15 августа в матче против «Вест Хэм Юнайтед» Батшуайи дебютировал в английской Премьер-лиге, заменив во втором тайме Оскара. В конце поединка он ассистировал Диего Косте, который забил победный гол.