Начал карьеру в футбольной академии клуба «Бенфика», поначалу играя в футзал и футбол «7 на 7». В 2011 году покинул столицу и выступал за молодёжные команды команд «Каса Пиа» и «Реал Келуш». В составе «Реала» дебютировал за профессиональном уровне в четвёртом дивизионе Португалии. В начале 2014 года Кардозу подписал контракт с испанским «Депортиво Ла-Корунья», где для получения игровой практики начал выступать за резервную команду «Депортиво Фабриль». 12 декабря 2015 года в матче против «Барселоны» дебютировал за основной состав в Ла Лиге, заменив во втором тайме Хуанфрана. В начале 2016 году был отдан в аренду в «Униан Мадейра». 7 февраля в матче против «Морейренсе» дебютировал в Сангриш лиге. Летом того же года на правах свободного агента перешёл в «Тонделу». 13 августа в матче против «Бенфики» дебютировал за новую команду. 11 декабря в поединке против «Насьонал Фуншал» Мигел забил свой первый гол за «Тонделу».

Динамо

Летом 2018 года Кардозу перешёл в московское «Динамо», подписав контракт на 4 года. 2 сентября в матче против «Оренбурга» (2:0) дебютировал в РПЛ, заменив в конце игры Фёдора Черных. 14 сентября в поединке против столичного «Локомотива» Мигел забил первый гол за «Динамо».

Тамбов (аренда)

19 февраля 2020 года на полгода уходит в аренду в «Тамбов». У Мигела получается сыграть на поле за новую команду лишь 5 минут в матче 1 марта против «Рубина».