Мерино — воспитанник клуба «Осасуна». 23 августа 2014 года в матче против «Барселоны Б» он дебютировал в Сегунде. 21 декабря в поединке против «Лас-Пальмас» Микель забил свой первый гол за «Осасуну». В 2015 году Мерино заинтересовалась «Барселона». В начале 2016 года Мерино подписал пятилетний контракт с дортмундской «Боруссией», соглашение вступило в силу с летом. Сумма трансфера составила 5 млн. евро. 14 октября в матче против берлинской «Герты» Микель дебютировал в немецкой Бундеслиге. В своём дебютном сезоне Микель помог клубу выиграть Кубок Германии. Летом 2017 года Мерино в поисках игровой практики на правах аренды перешёл в английский «Ньюкасл Юнайтед». 13 августа в матче против «Тоттенхэм Хотспур» он дебютировал в английской Премьер-лиге. 13 октября 2017 года, Мерино официально стал игроком «Ньюкасл Юнайтед», «сороки» воспользовались правом выкупа по условиям арендного соглашения и подписали пятилетний летний контракт с футболистом. 21 октября в поединке против «Кристал Пэлас» Мерино забил свой первый гол за «Ньюкасл Юнайтед». Летом 2018 года Мерино вернулся в Испанию, подписав контракт с «Реал Сосьедад».