1 июня 2012 года Вайзер подписывает контракт с мюнхенской «Баварией» до 2015 года. За дубль баварцев этого клуба Вайзер забил 1 гол в 9 матчах. В чемпионате страны Митчеллу Вайзеру сыграть тогда не пришлось, однако он вышел на поле в матче Кубка Германии с «Кайзерслаутерном». Он заменил Рафинью, который получил контузию. 2 января 2013 года он был отдан в аренду всё тому же «Кайзерслаутерну», находившемуся во Второй Бундеслиге, до конца сезона, за который забил 2 гола в 13 матчах. Дебют в стане «красных чертей» состоялся 4 февраля 2013 года во встрече с «Мюнхен 1860», которая закончилась со счётом 1:0. Вышёл в стартовом составе и покидал в 86 минуте. По возвращении в стан красно-белых в сезоне 2013/14 Вайзер забил свой первый гол за баварцев, произошло это в игре Кубка Ауди-2013 против бразильского «Сан-Паулу». 5 ноября 2013 года Митчелл дебютирует за мюнхенскую «Баварию» в игре группового этапа Лиги чемпионов сезона 2013/14 против пльзенской «Виктории», выйдя на замену Марио Гётце на 87-й минуте.