Сиссоко начал заниматься футболом в клубе «Эсперанс Ольне» из северо-восточного пригорода Парижа Ольне-су-Буа. В 2000 году он перешёл в юношескую команду парижского «Ред Стар», после двухлетнего пребывания в которой оказался в системе подготовки «Тулузы». Выступая в различных турнирах за юношеские команды, а также любительский состав «Тулузы» Сиссоко показал себя перспективным игроком; однако, несмотря на интерес к своей персоне со стороны «Болтона» и «Ливерпуля», в январе 2007 года молодой нападающий подписал свой первый профессиональный контракт с «Тулузой». В составе основной команды Сиссоко получил 22-й номер. Первым матчем в чемпионатах Франции для Муссы Сиссоко стал выездной поединок стартового тура турнира против «Валансьена»; футболист появился на замену на 66-й минуте. По итогам сезона «Тулуза» с трудом избежала вылета, а Сиссоко закрепился в основном составе команды, сыграв 30 матчей в чемпионате и забив гол в матче 7-го тура против «Осера». 25 июля 2008 года контракт Сиссоко с клубом был продлён до 2012 года. Дебют Сиссоко в еврокубках пришёлся на первый матч третьего квалификационного раунда Лиги чемпионов 2007/08. В матче против «Ливерпуля», состоявшемся 15 августа 2007 года, полузащитник появился на поле на 83-й минуте и успел за отведённый ему отрезок игрового времени получить жёлтую карточку. Оба матча противостояния с «Ливерпулем» «Тулуза» проиграла, так что Сиссоко в том сезоне довелось поиграть и в Кубке УЕФА. Полузащитник выходил на замену в матчах группового турнира против «Цюриха» и московского «Спартака».