В декабре 2017 года в немецкой прессе появилась информация о желании руководства клуба «Унион Берлин» из Второй Бундеслиги приобрести Уэду в зимнее трансферное окно, однако этот переход не состоялся, и в новом сезоне футболист продолжил играть в составе «Касима Антлерс». 17 июля 2018 года японец всё-таки переехал в Европу, заключив четырёхлетний контракт с бельгийским клубом «Серкль Брюгге». Председатель клуба Франс Шотте, комментируя трансфер, отметил Уэду как сильного и талантливого защитника с серьёзным опытом, хорошей дисциплиной, трудолюбием и большим потенциалом. 11 августа Наомити дебютировал в новой команде, отыграв весь матч с льежским «Стандардом» в чемпионате Бельгии. За два года, проведённых в Бельгии, Уэда принял участие в 55 матчах, забил один гол. В первой половине сезона 2020/21 он стал испытывать проблемы с попаданием в основной состав. 18 января 2021 года Уэда перешёл во французский «Ним», который арендовал его до конца сезона 2020/21 с возможностью последующего выкупа. В новом клубе японец дебютировал 10 февраля в матче Кубка Франции с «Ниццей».