Натан выступал за «Фейеноорд» с 12 лет, до этого он играл в юношеской команде из родного города Гаага «АДО Ден Хааг». В «Фейеноорде» он пробыл до 15-ти лет, где им заинтересовались английские клубы, такие как «Челси» и «Манчестер Сити». В конце концов, защитник решил присоединиться к «Челси» в декабре 2010 года за сумму 230 тыс. фунтов стерлингов, после окончания сезона он перешёл в академию «Челси». Это вызвало реакцию со стороны спортивного директора «Фейеноорда» Лео Беенхаккера, который назвал английские клубы «большой белой акулой футбола». Дебютировал в Премьер-лиге 26 декабря 2012 года в игре против «Норвич Сити» на Карроу Роуд. Он вышел на поле в самом конце матча, заменив Хуана Мату, автора единственного гола в этой игре, забитого на 38-й минуте. 14 августа 2015 года Аке подписал новый 5-летний контракт с «Челси» и перешёл в клуб «Уотфорд», выступающий в Премьер-лиге, на правах аренды сроком на один сезон. 25 августа дебютировал за «Уотфорд», выйдя в основном составе на матч 2-го квалификационного раунда Кубка Футбольной лиги против «Престон Норт Энд» (0:1). 19 сентября дебютировал в Премьер-лиге за «шмелей», выйдя на замену в матче 6-го тура против «Ньюкасл Юнайтед» (2:1), провёл на поле 11 минут. 20 декабря забил первый гол за «Уотфорд» на 3-й минуте в матче 17-го тура Премьер-лиги против «Ливерпуля» (3:0).