Нкунку — воспитанник футбольного клуба «Сержи Понтуаз». В 2017 году перешёл сначала в «Брест», а затем в марсельский «Олимпик». В 2017 году начал выступать за резервную команду «Олимпика» в лиге Насьональ 2 — четвёртом дивизионе в системе футбольных лиг Франции. В сезонах 2017/18, 2018/19 и 2019/20 провёл суммарно 43 матча за резерв марсельской команды, в которых забил четыре гола. 20 октября 2019 года впервые попал в заявку основного состава «Олимпика» на матч Лиги 1 против «Страсбура», однако на поле не вышел. В июле 2020 года перешёл в английский футбольный клуб «Эвертон», подписав контракт на 3 года. 16 сентября 2020 года дебютировал в основном составе «Эвертона» в матче Кубка лиги против «Солфорд Сити». 1 ноября 2020 года впервые вышел на поле в матче АПЛ, попав в основной состав команды на игру против «Ньюкасла». Всего в свой дебютный сезон в «Эвертоне» принял участие в шести матчах во всех турнирах.