16 июня 2016 года, Рафаэл перешёл в «Боруссию Дортмунд». Контракт между футболистом и немецким клубом рассчитан до лета 2020 года. 27 августа 2016 года в матче против «Майнц 05» он дебютировал в Бундеслиге, заменив во втором тайме Себастьяна Роде. 14 сентября в матче Лиги чемпионов против польской «Легии» Геррейру забил свой первый гол за «Боруссию». В поединке против «Вольфсбурга» он забил свой первый мяч в чемпионате Германии. В своём дебютном сезоне он помог клубу выиграть Кубок Германии. 24 октября 2018 года в матче «Боруссии» в Лиге чемпионов против «Атлетико Мадрид» (счёт игры 4:0) он отметился «дублем». Также забил 2 мяча в другой игре Лиги чемпионов – 11 декабря 2018 года, когда соперником выступал клуб «Монако» (победа «Боруссии» 2:0). В 2019 году Рафаэл продлил контракт с «Боруссией Дортмунд».Контракт рассчитан до 2023 года.