Рубен присоединился к системе «Порту» в восьмилетнем возрасте и прошёл через множество возрастных категорий этого клуба. Также короткое время он провёл в юношеской команде «Падроенсе». В предсезонной подготовке 2014 года Рубен заменил в первой команде выбывшего из-за травмы нигерийца Агу. Хулен Лопетеги поставил его в стартовый состав на матч первого тура Примейры против «Маритиму». Рубен оправдал надежды тренера и забил гол. 20 октября 2015 года стал самым молодым капитаном в истории Лиги чемпионов, выйдя на поле в матче против «Маккаби» (Тель-Авив). На момент выхода на поле ему исполнилось 18 лет и 221 день. 8 июля 2017 года перешёл в «Вулверхэмптон Уондерерс» за 17 миллионов фунтов, что стало самым дорогим переходом в истории клуба. Контракт подписан сроком на 5 лет.