Польтер — воспитанник клубов «Вильгельмсхафен», «Вердер», «Айнтрахт» (Брауншвейг) и «Вольфсбург». В 2008 году для получения игровой практики игрок начал выступать за дублирующий состав последнего. 10 декабря 2011 года в матче против «Вердера» он дебютировал в Бундеслиге. 17 декабря в поединке против «Штутгарта» Себастьян забил свой первый гол за «Вольфсбург». Летом 2012 года Польтер на правах аренды перешёл в «Нюрнберг». 25 августа в матче против «Гамбурга» он дебютировал за новую команду. 21 сентября в поединке против франкфуртского «Айнтрахта» Себастьян забил свой первый гол за «Нюрнберг».