Себастьен начал футбольную карьеру в местных клубах «Виньо» и «Бретиньи Фут». В 2007 году он перешёл в академию «Осера». 26 июня 2011 подписал свой первый профессиональный контракт с «Осером», рассчитанный на трёхлетнее соглашение. Дебютировал за первую команду 27 июля 2012 года в матче против клуба «Ним Олимпик». 1 марта 2013 года Себастьян забил свой первый гол в матче против клуба «Арль-Авиньон» на 28-й минуте. 15 мая 2017 Себастьен подписал четырёхлетнее соглашение с немецким «Айнтрахтом». В первом же сезоне помог клубу впервые за 30 лет выиграть Кубок Германии, забив по ходу турнира 4 гола в 5 играх. В следующем сезоне Бундеслиги он забил 15 голов в 29 матчах и занял седьмое место в списке лучших бомбардиров чемпионата. 17 июля 2019 года перешёл в английский «Вест Хэм Юнайтед» за 40 миллионов евро. Контракт рассчитан на 5 лет с возможностью продления ещё на один год. 31 июля 2019 года Себастьян забил свой первый гол за «Вест Хэм» в предсезонном товарищеском матче против «Герты», в котором «Вест Хэм» выиграл 5:3. 10 августа 2019 года он дебютировал в английской Премьер-лиге против действующего чемпиона «Манчестер Сити». 24 августа 2019 года он забил свои первые голы в Премьер-лиге за клуб в матче против «Уотфорда». В январе 2021 года перебрался в «Аякс» за 22,5 млн евро. Контракт рассчитан до июня 2025 года. 15 сентября 2021 года впервые в карьере вышел на поле в матче Лиги чемпионов УЕФА и сразу сделал покер в ворота «Спортинга» в гостях, первые два мяча Алле забил уже к 9-й минуте матча. Это был 18-й случай в истории Лиги чемпионов, когда игрок забил более 3 мячей за матч, и второй, когда игрок сделал покер в своей дебютной игре в турнире (ранее это удалось Марко ван Бастену в 1992 году). Ранее из ивуарийских футболистов хет-трик в Лиге чемпионов делал только Дидье Дрогба.