Начинал профессиональную карьеру в футбольных академиях английских клубов «Фулхэм» и «Тоттенхэм Хотспур». В 2011 году Уильям начал выступать за дублёров «шпор», но основную команду он так и не дебютировал. В 2013 году после окончания контракта Троост-Эконг вернулся на родину, где заключил соглашение с «Гронингеном». 21 сентября в матче против «Валвейка» он дебютировал в Эредивизи. Уильям сыграл всего два матча за новую команду и в начале 2014 года, для получения игровой практики он был отдан в аренду в «Дордрехт». 31 января в поединке против «МВВ Маастрихт» Троост-Эконг дебютировал в Эрстедивизи. В своём первом же сезоне он помог клубу выйти в элиту. В начале 2015 года Уильямом интересовался шотландский «Селтик», но в итоге летом, после окончания контракта он подписал соглашение с бельгийским «Гентом». Новый клуб сразу же отдал Троост-Эконга в аренду в норвежский «Хёугесунн». 31 июля в матче против «Викинга» он дебютировал в Типпелиге. 19 марта 2016 года в поединке против «Олесунна» Уильям забил свой первый гол за «Хёугесунн».