Виссам Бен-Йеддер — воспитанник клубов «Гарж Ле Гоннес» и «Сен-Дени». В 2009 году перешёл в клуб «Альфорвиль», за сезон в котором сыграл в Любительском чемпионате Франции 23 матча и забил 9 голов. Летом 2010 года стал игроком «Тулузы». Дебютировал в Лиге 1 16 октября 2010 года в матче против «Пари Сен-Жермен», заменив Янниса Тафера на 61-й минуте встречи. 21 апреля 2012 года Бен Йеддер, использовав передачу Адриана Регаттена, забил свой первый гол за «Тулузу» (в ворота «Эвиана»). Начало сезона 2012/13 получилось для форварда результативным: в первых 10 турах чемпионата он забил 7 голов и с 6-го по 9-й тур находился на втором месте в списке бомбардиров турнира, уступая только Златану Ибрагимовичу. 30 ноября 2013 года Бен-Йеддер забил хет-трик в домашнем матче против Сошо (5-1). Ещё один хет-трик он оформил 17 мая 2014 года в матче против Валансьена, закончившегося победой 3-1. 20 сентября 2014 года Бен-Йеддер забил пенальти в матче против Кана (3-3). Благодаря этому голу он достиг отметки в 35 голов в Лиге 1 за Тулузу, превзойдя Андре-Пьера Жиньяка как лучшего бомбардира клуба в 21-м веке. 19 декабря 2015 года достиг отметки в 50 голов, забив гол в ничейном матче против Лилля. 9 января он оформил ещё один хет-трик в матче против Реймса (3-1). 30 июля 2016 года было объявлено о переходе Бен-Йеддера в «Севилью». Свой первый мяч Виссам забил в рамках чемпионата Испании против «Эспаньола». Тот матч закончился со счётом 6:4 в пользу «Севильи». 7 января 2017 год Бен-Йеддер оформил хет-трик в ворота «Реал Сосьедада», игра завершилась со счётом 4-0. 26 сентября в рамках группового этапа Лиги чемпионов УЕФА сезона 2017/18 Бен-Йеддер забил все три гола в победном матче над словенским «Марибором», это был его первый хет-трик в турнире. В сентябре 2018 года Бен-Йеддер забил пять голов в течение трех дней, два в матче Лиги Европы против Стандарда (5-1) и хет-трик в матче против Леванте (6-2).