Юниором Шакири играл в «Аугусте», откуда перебрался в детскую команду «Базеля». В 15-летнем возрасте Джердан стал лучшим игроком юношеского турнира Nike Cup, после чего он стал объектом интереса нескольких клубов, но остался в «Базеле». 2 января 2009 года Шакири подписал первый профессиональный контракт, а 12 июля дебютировал во взрослой команде в матче с «Санкт-Галленом». 9 ноября швейцарец открыл счёт своим голом за «Базель», забив в ворота «Ксамакса». В феврале 2012 года подписал с мюнхенской «Баварией» четырёхлетний контракт, срок действия которого начинался с 1 июля 2012 года. В клубе Джердан играл под номером 11. В своём дебютном сезоне Шакири провёл 26 матчей и смог отметиться четырьмя забитыми голами. 9 января 2015 года Шакири подписал контракт с итальянским «Интернационале» до 2019 года, отказавшись переходить в английский «Ливерпуль». Свой первый официальный матч за команду Джердан провёл 17 января 2015 года в матче 19-го тура Серии-А против «Эмполи». В общей сумме Шакири провёл в составе «Интернационале» 15 матчей и отличился один раз. 13 июля 2018 года прошёл медосмотр в «Ливерпуле» и подписал контракт с клубом. Трансфер составил 13 млн фунтов стерлингов. 27 октября 2018 года в матче 10-го тура АПЛ Шакири забил свой первый гол в официальной встрече. В том матче «Ливерпуль» одолел «Кардифф Сити» со счётом 4:1. 1 июня 2019 года в составе «Ливерпуля» Шакири стал победителем Лиги чемпионов, став единственным швейцарским футболистом, который выигрывал данный турнир два раза.