После расформирования «Стали» в конце апреля 2015 заключил контракт с МФК «Николаев». В футболке «корабелов» дебютировал 25 апреля 2015 в ничейном (3:3) домашнем поединке 23-го тура первой лиги чемпионата Украины против «Сум». Юрий вышел на поле в стартовом составе, а на 29-й минуте его заменил Андрей Бурдиян. Дебютным голом в футболке николаевского клуба отличился 23 мая 2015 на 90-й минуте проигранного (2:4) домашнего матча 28-го тура первой лиги против ФК «Полтавы». Батюшин вышел на поле на 75-й минуте, заменив Валерия Рогозинского. 10 ноября 2015 попал в символическую сборную 16-го тура первой лиги по версии интернет-портала UA-Футбол на позиции центральный полузащитник. Обозреватель назвал Батюшина «мозговым центром николаевской команды». Во время летнего межсезонья 2016 года, по словам главного тренера корабелов Руслана Забранского, к Батюшину проявляли интерес «Ильичёвец» и «Гелиос», но в итоге полузащитник остался в «Николаеве». В следующем сезоне 2016/17 сыграл в составе «Николаева» в полуфинале Кубка Украины. С сезона 2017/18 выступает за «Горняк-Спорт».