Следующее межсезонье также принимал участие в предсезонных играх основного состава. Удачная игра молодого полузащитника обратила на себя внимание тренерского штаба, после ухода сразу двух — Хуана Маты и Висенте — кандидатов на место основного левого полузащитника, нуждавшегося в достойной замене. 27 августа 2011 года Хуан Бернат провёл свой первый официальный матч за «Валенсию», в стартовом матче чемпионата Испании против «Расинга» (4:3), выйдя в основном составе. В сезоне 2011/12 изредка попадал в основу «Валенсии», однако прогресс Берната был на лицо. Испанец переквалифицировался из полузащитника в типичного защитника и вскоре застолбил за собой левую бровку обороны валенсийской команды. Во второй половине чемпионата окончательно был переведен в основу «Валенсии». 26 января 2012 года Бернат впервые провёл полный матч за «Валенсию» в кубке Испании против «Леванте». Матч закончился со счётом 3:0 в пользу Валенсии, Хуан в этом матче отметился голевой передачей. В этом сезоне Хуан забил 8 голов за резерв, а в основе отметился одним голевым пасом в матче предпоследнего тура против «Бетиса». В сезоне 2012/13 продолжал выходить преимущественно на замены, не сыграв ни один полноценный матч. 28 января 2013 Хуан забил свой первый гол за основную команду, поразив ворота «Льягостера» в рамках Кубка Испании. После очередной распродажи, устроенной «Валенсией» летом 2013 года, получил реальный шанс заиграть за первую команду.