Мукоко начал свою карьеру в футбольной академии немецкого клуба «Санкт-Паули» в 2014 году. Выступая за команду до 15 лет, он забил 21 гол в 12 матчах. В июле 2016 года присоединился к академии клуба «Боруссия Дормунд». Забил рекордные 33 гола в 15 матчах за команду «Боруссии» до 15 лет. Став единственным 13-летним игроком в Бундеслиге для игроков до 17 лет, забил рекордные 50 голов в 28 матчах этого турнира. Перед сезоном 2019/20 14-летний Мукоко перешёл в команду «Боруссии» до 19 лет, забив шесть голов в первом же матче турнира против «Вупперталя». 17 сентября 2019 года дебютировал в Юношеской лиге УЕФА в матче против «Барселоны», став самым юным игроком в истории этого турнира. 23 октября в матче против «Интернационале» 14-летний Юссуфа забил свой первый гол в турнире, став самым юным автором гола в истории Юношеской лиги УЕФА. К апрелю 2020 года, за шесть игр до конца сезона, прерванного из-за пандемии COVID-19, Мукоко забил 34 гола в 20 матчах за команду «Боруссии» до 19 лет, что стало очередным рекордом.