Эль-Мессауди — воспитанник клуба «Льерс». 26 декабря 2013 года в матче против «Мехелена» он дебютировал в Жюпиле лиге. Летом 2015 года Ахмед на правах аренды был отдан в аренду в льежский «Стандард». 2 августа в матче против «Зюльте-Варегем» он дебютировал за новый клуб. В начале 2016 года Эль-Мессауди на правах аренды присоединился к «Мехелену». 30 января в матче против «Шарлеруа» он дебютировал за новую команду. Летом 2017 года «Мехелен» выкупил трансфер Ахмеда. Летом 2018 года Эль-Мессауди был отдан в аренду в ситтардскую «Фортуну». 11 августа в матче против «Эксельсиора» он дебютировал в Эредивизи. 16 сентября в поединке против НАК Бреда Ахмед забил сов первый гол за «Фортуну».