Рамальо — воспитанник клубов «Сан-Паулу», «Сан-Бенту», «Палмейрас», «Ред Булл Бразил» и австрийского «Ред Булл Зальцбург». В 2012 году для получения игровой практики Андре начал выступать за фарм-клуб последнего «Лиферинг». 20 июля 2013 года в матче против «Винер-Нойштадта» он дебютировал в австрийской Бундеслиге. Через неделю в поединке против венской «Аустрии» Андре забил свой первый гол за «Ред Булл». В составе клуба он выиграл Кубок Австрии и дважды стал чемпионом. Летом 2015 года Рамальо перешёл в немецкий «Байер 04». 15 августа в матче против «Хоффенхайма» он дебютировал в немецкой Бундеслиге. Летом 2016 года Рамальо для получения игровой практики был арендован клубом «Майнц 05». 6 ноября в матче против «РБ Лейпциг» он дебютировал за новую команду. В начале 2018 года Андре вернулся в «Ред Булл» и ещё четырежды помог клубу выиграть чемпионат. 26 мая 2021 года подписал трёхлетний контракт с нидерландским ПСВ.