Летом 2017 года Андреа поставил в известность руководство «Аталанты» о своем желании перейти в «Милан». Стороны долго не могли прийти к соглашению, также в борьбу за игрока вклинился «Интер», но черно-синие получили резкий отказ от Конти, который мечтал выступать исключительно за «россонери». В начале июля «Аталанта» приняла предложение «Милана». Сумма сделки составила 25 миллионов евро + права на полузащитника Маттео Пессину и нападающего Луку Видо, каждый из которых был оценен «Аталантой» в 1 миллион евро. Сам Андреа Конти подписал контракт с «Миланом» до 2022 года с заработной платой 2 миллиона евро + бонусы. 20 августа в матче против «Кротоне» он дебютировал за новую команду в чемпионате. 15 сентября 2017 года во время тренировки Андреа получил повреждение крестообразных связок левого колена, которое оставит его без футбола на срок около 6 месяцев.