Воспитанник таразского футбола, первый тренер — Рахмон Устабаев. В 19 лет дебютировал в высшем эшелоне казахстанского футбола, выступал за родной «Тараз». По итогам сезона-2017 получил индивидуальные награды «Лучший молодой игрок Премьер-лиги» и «Открытие сезона». 25 ноября 2017 года перешёл в «Астану», подписав трёхлетний контракт. 4 марта 2018 года выиграл с командой Суперкубок Казахстана по футболу. В своём дебютном матче чемпионата 7 апреля оформил хет-трик в ворота павлодарского «Иртыша» (6-0). 20-летний футболист, войдя в основу четырёхкратного подряд чемпиона страны, сыграл в первенстве-2018 27 игр, забил 5 голов и стал с командой чемпионом. 12 января 2019 года перешёл в российский клуб «Ростов». Чтобы перейти в РПЛ, Зайнутдинов выкупил свой контракт у «Астаны», хотя клуб поднял ему зарплату в 2,5 раза. 25 августа 2020 года перешёл в московский ЦСКА. В матче 10-го тура забил свой дебютный гол за ЦСКА в ворота «Урала» из Екатеринбурга. В марте 2021 года получил травму (повреждение замыкательной и короткой приводящей мышц справа) и был прооперирован в мае 2021 года.