Кайо — воспитанник клуба «Сантос» из своего родного города. В 2016 году он был замечен скаутами «Атлетико Мадрид» и приглашён в команду. Для получения игровой практики Энрике выступал за дублирующий состав. В начале 2018 года Кайо на правах аренды вернулся в Бразилию, став игроком «Параны». 17 апреля в матче против «Сан-Паулу» он дебютировал в бразильской Серии А.