Клаудиньо родился в Сан-Висенти, штат Сан-Паулу, и в 2003 году, в возрасте 6 лет, присоединился к молодёжной команде «Сантоса». В июле 2015 года, после впечатляющих выступлений за команду до 17 лет, он подписал профессиональный контракт с «Коринтиансом», первоначально получив место в команде до 20 лет. Клаудиньо входил в состав команды, выигравшей в 2015 году Серию А, несмотря на то, что ни разу не играл и был лишь на скамейке запасных. 19 марта 2016 года в матче Лиги Паулиста против «Линенсе» он дебютировал за основной состав. 3 июня 2016 года Клаудиньо был отдан в аренду клубу «Брагантино» из Серии В на оставшуюся часть сезона. 12 июня в матче против «Пайсанду» он дебютировал в бразильской Серии B. Он провёл 18 матчей, так как клуб вылетел. В начале 2017 года Клаудиньо был арендован клубом «Санту-Андре». 4 февраля в матче против «Итуано» он дебютировал за новую команду. 12 февраля в поединке против «Коринтианс» забил свой первый гол за «Санту-Андре». 18 мая 2017 года Клаудиньо подписал контракт с «Понте-Прета» на два с половиной года, при этом клуб приобрёл 50 % его федеративных прав. 28 мая в матче против «Атлетико Минейро» (2:2) он дебютировал в бразильской Серии A. 9 января 2018 года Клаудиньо был арендован клубом «Ред Булл Бразил». 21 января в матче против своего бывшего клуба «Санту-Андре» он дебютировал за новую команду. 3 февраля в поединке против «Ред Булл Брагантино» Клаудиньо забил свой первый гол за «Ред Булл Бразил». В том же году он был арендован «Оэсте». 21 апреля в матче против «Жувентуде» Клаудиньо дебютировал за новый клуб. В начале 2019 года он вновь был арендован «Ред Булл Бразил». 24 апреля 2019 года после слияния «Ред Булл Бразил» с «Брагантино» и создания «Ред Булл Брагантино», аренда Клаудиньо была продлена до конца 2020 года. 22 мая в матче против «Фигейренсе» он забил свой первый гол за клуб. 5 октября в поединке против «Сан-Бенту» Клаудиньо сделал хет-трик. В том же году он помог клубу выйти в элиту. В сентябре «РБ Брагантино» выкупил 50 % его федеративных прав, принадлежащих «Понте-Прета», и подписал контракт до 2023 года. В 2020 году Клаудиньо с 18 голами стал лучшим бомбардиром чемпионата. 7 августа 2021 года российский «Зенит» объявил о переходе Клаудиньо. Соглашение с футболистом рассчитано на пять лет. Сумма трансфера составила 12 миллионов евро. В сентябре 2021 года стало известно, что ФИФА дисквалифицировала бразильца на 5 дней из-за того, что его не отпустили на матчи Бразилии в рамках отборочного турнира чемпионата мира-2022.