Воспитанник клуба «Депортиво Перейра» из своего родного города. 7 апреля 2015 года в матче против «Депортес Киндио» он дебютировал в колумбийской Примере B, в возрасте 16 лет. 5 сентября в поединке против «Реал Сантандер» Хуан забил свой первый гол за «Депортиво Перейра». 3 июля 2016 года в матче против «Тигрес» он сделал хет-трик. По итогам второго сезона Эрнандес в возрасте 17 лет, стал лучшим бомбардиром чемпионата. В начале 2017 года Хуан перешёл в испанкую «Гранаду», но для получения игровой практики сразу же был отдан в аренду в «Америку» из Кали. 24 февраля в матче против «Хагуарес де Кордоба» он дебютировал в Кубке Мустанга. 4 июня в поединке против «Депортиво Пасто» Эрнандес забил свой первый гол за «Америку».