Духи — воспитанник клуба «Эксельсиор» из своего родного города. 6 марта 2016 года в матче против АЗ он дебютировал в Эредивизи. Летом того же года Данило подписал контракт со столичным «Аяксом», но из-за высокой конкуренции выступал только за дублирующий состав. Летом 2018 года Духи перешёл в «Витесс», подписав контракт на 4 года. 30 сентября в матче против «Фейеноорда» он дебютировал за новую команду.