Нерес — воспитанник клуба «Сан-Паулу». 18 октября 2016 года в матче «Флуминенсе» он дебютировал в бразильской Серии А. 22 октября в поединке против «Понте-Прета» Давид забил свой первый гол за «Сан-Паулу». В начале 2017 года Нерес перешёл в амстердамский «Аякс». Сумма трансфера составила 12 млн. евро. 26 февраля в матче против «Хераклеса» он дебютировал в Эредивизи, заменив во втором тайме Каспера Дольберга. 2 апреля в поединке против «Фейеноорда» Давид забил свой первый гол за «Аякс». В 2019 году в матче 1/8 Лиги чемпионов против мадридского «Реала» Нерес отметился забитым мячом.