В июле 2012 года Фараони стал участником сделки по приобретению «Интером» Самира Хандановича. Словенский вратарь перешёл в стан чёрно-синих, а взамен команда «Удинезе» получила 11 млн евро и Марко Давиде Фараони. С итальянским футболистом клуб из Удине подписал пятилетний контракт. В июле 2017 года перешел на правах свободного агента в «Кротоне», подписав контракт на три года. В январе 2019 года был отдан в аренду клубу «Эллас Верона» до конца сезона 2018/19 с обязательством последующего выкупа.