Эмерсон — воспитанник клуба «Понте-Прета». 22 февраля 2017 года в матче Лиги Паулиста против «Линенсе» он дебютировал в основном составе. 5 ноября в поединке против «Байи» Эмерсон дебютировал в бразильской Серии А. 3 апреля 2018 года в поединке Лиги Паулиста против «Мирасола» Эмерсон забил свой первый гол за «Понте-Прета». В апреле 2018 года Эмерсон перешёл в «Атлетико Минейро». 19 мая в матче против «Крузейро» он дебютировал за новый клуб. 30 сентября в поединке против «Спорт Ресифи» Эмерсон забил свой первый гол за «Атлетико Минейро».