13 декабря Фабиан провёл свой первый поединок за основную команду, заменив Хави Торреса на 51-й минуте в матче Сегунды против «Луго» (1:0). Он появился в шести матчах в течение сезона и вышел в чемпионат Испании вместе со своей командой. Фабиан дебютировал в высшем дивизионе испанского футбола 23 августа 2015 года, заменив Альфреда Н’Диая в домашнем матче против «Вильярреала» (1:1). 23 декабря следующего года он продлил свой контракт до 2019 года, после чего перешёл на правах аренды в клуб Сегунды «Эльче». 17 марта 2017 года Фабиан забил свой первый гол на профессиональном уровне, открыв счёт в матче против «Химнастика» (3:1). По итогам сезона он провёл 18 матчей за «Эльче» и не смог помочь команде сохранить место в Сегунде. 5 июля 2018 года Фабиан Руис стал игроком итальянского «Наполи», контракт подписан на 5 лет, зарплата Фабиана в «Наполи» составит 2.5 млн евро в год. По неофициальным данным, сумма трансфера составила 30 млн евро.