Фабьен Лемуан — воспитанник «Ренна». Дебютировал в первой команде 13 января 2008 года в матче Лиги 1 против марсельского «Олимпика». Полузащитник вышел на поле в стартовом составе и во втором тайме был заменён на Оливье Томера. В матче против «Страсбура», сыгранном 26 апреля 2008 года Лемуан забил первый гол в своей профессиональной карьере, использовав передачу Жерома Леруа. 19 июля 2008 года в матче против «Таврии» полузащитник дебютировал в Кубке Интертото, а в матче против норвежского «Стабека», прошедшем 28 августа того же года, — в кубке УЕФА. В «Ренне» Фабьен Лемуан выступал до окончания сезона 2010/11 и становился финалистом кубка Франции. Летом 2011 года Лемуан перешёл в «Сент-Этьен». Первый матч в составе «зелёных» сыграл 21 августа 2011 года против марсельского «Олимпика», заменив на 67-й минуте встречи Лорана Батллеса.