Уроженец Сан-Паулу, Габриэл начал карьеру в футбольной академии клуба «Аваи». 28 января 2016 года дебютировал в основном составе в матче Примейра лиги против «Гремио», отличившись забитым мячом. В 2016 году провёл за команду 13 игр в Лиге Катариненсе, 21 игру — в Серии B и 4 игры— в Кубке Бразилии. 31 января 2017 года перешёл во французский клуб «Лилль» за 3 млн евро. 22 апреля 2017 года дебютировал в основном составе «Лилля» в матче французской Лиги 1 против «Генгама», выйдя на замену Марко Баше. Первую половину сезона 2017/18 Габриэл провёл в аренде в клубе французской Лиги 2 «Труа». В январе 2018 года отправился в аренду в хорватский клуб «Динамо Загреб». Перед началом сезона 2018/19 вернулся в «Лилль». 14 апреля 2019 года забил свой первый гол за «Лилль» в матче против «Пари Сен-Жермен». К сезону 2019/20 стал основным центральным защитником клуба наряду с Жозе Фонте. 17 сентября 2019 года дебютировал в Лиге чемпионов в матче группового этапа против амстердамского «Аякса». Весной 2020 года стало известно об интересе в трансфере защитника со стороны ряда английских, итальянских и испанских клубов. 1 сентября 2020 года перешёл в лондонский «Арсенал» за 26 млн евро (23,14 млн фунтов), подписав с клубом долгосрочный контракт.